MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Haloterrigena turkmenica DSM 5511 plasmid pHTUR06

Total Repeats: 344

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013749	GCCG	2	8	7	14	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_013749	TTC	2	6	82	87	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	284176392
3	NC_013749	GCC	2	6	116	121	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	284176392
4	NC_013749	TCG	2	6	122	127	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176392
5	NC_013749	TCC	2	6	244	249	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	284176392
6	NC_013749	GTC	2	6	259	264	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176392
7	NC_013749	CG	3	6	364	369	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
8	NC_013749	GCC	2	6	372	377	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_013749	TAG	4	12	433	444	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013749	AAG	2	6	493	498	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	284176393
11	NC_013749	CAT	2	6	557	562	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	284176393
12	NC_013749	CAA	2	6	599	604	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	284176393
13	NC_013749	AC	3	6	651	656	50 %	0 %	0 %	50 %	284176393
14	NC_013749	ACT	2	6	662	667	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	284176393
15	NC_013749	TTG	2	6	754	759	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	284176393
16	NC_013749	AAG	2	6	798	803	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	284176393
17	NC_013749	TAA	2	6	860	865	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	284176394
18	NC_013749	CGA	2	6	897	902	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284176394
19	NC_013749	GCT	2	6	903	908	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176394
20	NC_013749	TACA	2	8	1027	1034	50 %	25 %	0 %	25 %	284176394
21	NC_013749	ACAA	2	8	1057	1064	75 %	0 %	0 %	25 %	284176394
22	NC_013749	GAG	2	6	1162	1167	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	284176394
23	NC_013749	G	6	6	1180	1185	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013749	AC	3	6	1230	1235	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_013749	GTGAG	2	10	1249	1258	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013749	A	6	6	1263	1268	100 %	0 %	0 %	0 %	284176395
27	NC_013749	GGAAC	2	10	1278	1287	40 %	0 %	40 %	20 %	284176395
28	NC_013749	GTC	2	6	1289	1294	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176395
29	NC_013749	AG	3	6	1338	1343	50 %	0 %	50 %	0 %	284176395
30	NC_013749	AATGA	2	10	1346	1355	60 %	20 %	20 %	0 %	284176395
31	NC_013749	AAC	2	6	1406	1411	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	284176395
32	NC_013749	TTC	2	6	1693	1698	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	284176396
33	NC_013749	GCGA	2	8	1699	1706	25 %	0 %	50 %	25 %	284176396
34	NC_013749	GA	3	6	1705	1710	50 %	0 %	50 %	0 %	284176396
35	NC_013749	CGA	2	6	1769	1774	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284176396
36	NC_013749	GAC	2	6	1848	1853	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284176396
37	NC_013749	GAG	2	6	1899	1904	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	284176396
38	NC_013749	GCG	2	6	1908	1913	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	284176396
39	NC_013749	GA	3	6	1918	1923	50 %	0 %	50 %	0 %	284176396
40	NC_013749	GCG	2	6	1932	1937	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	284176396
41	NC_013749	ACG	2	6	1999	2004	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284176396
42	NC_013749	GTG	2	6	2036	2041	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	284176396
43	NC_013749	GCC	2	6	2073	2078	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	284176396
44	NC_013749	GGATTA	2	12	2170	2181	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	284176397
45	NC_013749	GT	3	6	2191	2196	0 %	50 %	50 %	0 %	284176397
46	NC_013749	TCG	2	6	2223	2228	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176397
47	NC_013749	CGT	2	6	2230	2235	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176397
48	NC_013749	GTG	2	6	2299	2304	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	284176397
49	NC_013749	TCG	2	6	2337	2342	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176397
50	NC_013749	CGT	2	6	2365	2370	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176397
51	NC_013749	CCT	2	6	2371	2376	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	284176397
52	NC_013749	GTGC	2	8	2434	2441	0 %	25 %	50 %	25 %	284176397
53	NC_013749	CT	3	6	2459	2464	0 %	50 %	0 %	50 %	284176397
54	NC_013749	ACC	2	6	2473	2478	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	284176398
55	NC_013749	TCG	2	6	2507	2512	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176398
56	NC_013749	GGTC	2	8	2514	2521	0 %	25 %	50 %	25 %	284176398
57	NC_013749	CGCC	2	8	2571	2578	0 %	0 %	25 %	75 %	284176398
58	NC_013749	TCG	2	6	2606	2611	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176398
59	NC_013749	TC	3	6	2612	2617	0 %	50 %	0 %	50 %	284176398
60	NC_013749	CAT	2	6	2664	2669	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	284176398
61	NC_013749	CAC	2	6	2670	2675	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	284176398
62	NC_013749	ACCGCC	3	18	2677	2694	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	284176398
63	NC_013749	GCG	3	9	2706	2714	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	284176398
64	NC_013749	TC	3	6	2758	2763	0 %	50 %	0 %	50 %	284176398
65	NC_013749	TGGT	2	8	2778	2785	0 %	50 %	50 %	0 %	284176398
66	NC_013749	GT	3	6	2838	2843	0 %	50 %	50 %	0 %	284176398
67	NC_013749	GCT	2	6	2931	2936	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176398
68	NC_013749	TCGGTG	2	12	2951	2962	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	284176398
69	NC_013749	G	6	6	3008	3013	0 %	0 %	100 %	0 %	284176398
70	NC_013749	TCG	2	6	3146	3151	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176398
71	NC_013749	CAA	2	6	3198	3203	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	284176398
72	NC_013749	GGC	2	6	3276	3281	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	284176398
73	NC_013749	GGAG	2	8	3310	3317	25 %	0 %	75 %	0 %	284176398
74	NC_013749	TGC	2	6	3334	3339	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176398
75	NC_013749	TC	3	6	3348	3353	0 %	50 %	0 %	50 %	284176398
76	NC_013749	CCGT	2	8	3489	3496	0 %	25 %	25 %	50 %	284176398
77	NC_013749	GAT	2	6	3544	3549	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	284176398
78	NC_013749	GC	3	6	3560	3565	0 %	0 %	50 %	50 %	284176398
79	NC_013749	ACGAG	2	10	3655	3664	40 %	0 %	40 %	20 %	284176398
80	NC_013749	TCGGA	2	10	3672	3681	20 %	20 %	40 %	20 %	284176398
81	NC_013749	GCC	2	6	3691	3696	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	284176398
82	NC_013749	ACG	2	6	3712	3717	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284176398
83	NC_013749	GAT	2	6	3721	3726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	284176398
84	NC_013749	TCCAGA	2	12	3799	3810	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	284176398
85	NC_013749	CTT	2	6	3845	3850	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	284176398
86	NC_013749	AG	4	8	3967	3974	50 %	0 %	50 %	0 %	284176398
87	NC_013749	CGT	2	6	4024	4029	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176398
88	NC_013749	CTA	2	6	4110	4115	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	284176398
89	NC_013749	CCGA	2	8	4129	4136	25 %	0 %	25 %	50 %	284176398
90	NC_013749	CGT	2	6	4140	4145	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176398
91	NC_013749	CTC	2	6	4167	4172	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	284176398
92	NC_013749	TCC	2	6	4235	4240	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	284176398
93	NC_013749	CCA	2	6	4262	4267	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	284176398
94	NC_013749	CTT	2	6	4299	4304	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	284176398
95	NC_013749	CTT	3	9	4332	4340	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	284176398
96	NC_013749	CTT	2	6	4344	4349	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	284176398
97	NC_013749	CGG	2	6	4362	4367	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	284176398
98	NC_013749	GCC	2	6	4378	4383	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	284176398
99	NC_013749	TCC	2	6	4388	4393	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	284176398
100	NC_013749	C	6	6	4427	4432	0 %	0 %	0 %	100 %	284176398
101	NC_013749	GTCGC	2	10	4433	4442	0 %	20 %	40 %	40 %	284176398
102	NC_013749	GTT	2	6	4558	4563	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	284176398
103	NC_013749	ATA	2	6	4568	4573	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	284176398
104	NC_013749	CAT	2	6	4602	4607	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	284176398
105	NC_013749	CGC	2	6	4623	4628	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	284176398
106	NC_013749	TCT	2	6	4637	4642	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	284176398
107	NC_013749	CAT	2	6	4668	4673	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	284176398
108	NC_013749	TCT	2	6	4691	4696	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	284176398
109	NC_013749	GTT	2	6	4763	4768	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	284176398
110	NC_013749	CT	3	6	4781	4786	0 %	50 %	0 %	50 %	284176398
111	NC_013749	GTC	2	6	4829	4834	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176398
112	NC_013749	GTC	2	6	4846	4851	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176398
113	NC_013749	ATC	2	6	4879	4884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	284176398
114	NC_013749	GTC	2	6	4912	4917	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176398
115	NC_013749	TCA	2	6	4967	4972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	284176398
116	NC_013749	TCCC	2	8	4989	4996	0 %	25 %	0 %	75 %	284176398
117	NC_013749	CTT	2	6	4999	5004	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	284176398
118	NC_013749	GGC	2	6	5026	5031	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	284176398
119	NC_013749	CCCCA	2	10	5048	5057	20 %	0 %	0 %	80 %	284176398
120	NC_013749	ACC	2	6	5063	5068	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_013749	ACT	2	6	5199	5204	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_013749	CAG	2	6	5209	5214	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_013749	GCCGA	2	10	5258	5267	20 %	0 %	40 %	40 %	284176399
124	NC_013749	CAG	2	6	5293	5298	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284176399
125	NC_013749	ATC	2	6	5455	5460	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	284176400
126	NC_013749	TCC	2	6	5469	5474	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	284176400
127	NC_013749	ACG	2	6	5587	5592	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284176400
128	NC_013749	GAC	2	6	5655	5660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284176400
129	NC_013749	GCGT	2	8	5737	5744	0 %	25 %	50 %	25 %	284176400
130	NC_013749	CAA	2	6	5987	5992	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	284176400
131	NC_013749	ATC	2	6	6052	6057	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	284176400
132	NC_013749	TCA	2	6	6070	6075	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	284176400
133	NC_013749	TGT	2	6	6110	6115	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	284176400
134	NC_013749	CGTT	2	8	6164	6171	0 %	50 %	25 %	25 %	284176400
135	NC_013749	TCG	2	6	6202	6207	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176400
136	NC_013749	CCAT	2	8	6232	6239	25 %	25 %	0 %	50 %	284176400
137	NC_013749	GTT	3	9	6249	6257	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	284176400
138	NC_013749	CGT	2	6	6263	6268	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176400
139	NC_013749	AGT	2	6	6323	6328	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	284176400
140	NC_013749	TGC	2	6	6355	6360	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176400
141	NC_013749	GTA	2	6	6421	6426	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	284176400
142	NC_013749	CTT	2	6	6461	6466	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	284176400
143	NC_013749	CGC	2	6	6644	6649	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	284176400
144	NC_013749	C	6	6	6681	6686	0 %	0 %	0 %	100 %	284176400
145	NC_013749	T	6	6	6702	6707	0 %	100 %	0 %	0 %	284176400
146	NC_013749	CTGG	2	8	6708	6715	0 %	25 %	50 %	25 %	284176400
147	NC_013749	CGG	2	6	6752	6757	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	284176400
148	NC_013749	CTTAC	2	10	6895	6904	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
149	NC_013749	TGAC	2	8	6939	6946	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_013749	GAG	2	6	6966	6971	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
151	NC_013749	GGC	2	6	6977	6982	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_013749	CTT	2	6	7047	7052	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	284176401
153	NC_013749	AG	3	6	7122	7127	50 %	0 %	50 %	0 %	284176401
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155	NC_013749	G	6	6	7198	7203	0 %	0 %	100 %	0 %	284176401
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158	NC_013749	CGT	2	6	7253	7258	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176401
159	NC_013749	GT	3	6	7270	7275	0 %	50 %	50 %	0 %	284176401
160	NC_013749	TCTGAA	2	12	7285	7296	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	284176401
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173	NC_013749	CTT	2	6	7860	7865	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	284176401
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179	NC_013749	GAG	2	6	8106	8111	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	284176401
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249	NC_013749	ACC	2	6	11121	11126	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	284176402
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253	NC_013749	CGTG	2	8	11396	11403	0 %	25 %	50 %	25 %	284176402
254	NC_013749	CG	3	6	11427	11432	0 %	0 %	50 %	50 %	284176402
255	NC_013749	GGA	2	6	11468	11473	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	284176402
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260	NC_013749	CGC	2	6	11834	11839	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	284176404
261	NC_013749	CGA	2	6	11847	11852	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284176404
262	NC_013749	TCG	2	6	11864	11869	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176404
263	NC_013749	GC	3	6	11889	11894	0 %	0 %	50 %	50 %	284176404
264	NC_013749	CAC	2	6	11915	11920	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	284176404
265	NC_013749	CGGA	2	8	11940	11947	25 %	0 %	50 %	25 %	284176404
266	NC_013749	TCG	2	6	11991	11996	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176404
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270	NC_013749	GTC	2	6	12207	12212	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176405
271	NC_013749	ATT	2	6	12365	12370	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
272	NC_013749	TC	3	6	12416	12421	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
273	NC_013749	GT	3	6	12437	12442	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
274	NC_013749	AAG	2	6	12485	12490	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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279	NC_013749	GCCG	2	8	12779	12786	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
280	NC_013749	GGA	2	6	12832	12837	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
281	NC_013749	ACA	2	6	12922	12927	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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296	NC_013749	TAGT	2	8	13863	13870	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
297	NC_013749	TCC	2	6	13916	13921	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
298	NC_013749	CA	3	6	13926	13931	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
299	NC_013749	GAGG	2	8	13934	13941	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
300	NC_013749	CG	3	6	13974	13979	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
301	NC_013749	AAAAGA	2	12	13992	14003	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
302	NC_013749	CG	3	6	14038	14043	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
303	NC_013749	GGTGTA	2	12	14094	14105	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
304	NC_013749	ATAC	2	8	14111	14118	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
305	NC_013749	TCA	2	6	14135	14140	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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332	NC_013749	ACC	2	6	15202	15207	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	284176412
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.